Zarząd Spółki Akcyjnej Pudliszki przywiązuje dużą wagę do zagadnień ochrony środowiska. Dlatego podjęto decyzję o dwóch znaczących inwestycjach, które w ogromnym stopniu polepszyły warunki ekologiczne Zakładu. Dzięki temu na początku lipca 1999 roku Spółka Akcyjna Pudliszki została usunięta z wojewódzkiej listy zakładów szczególnie uciążliwych dla środowiska.

Pudliszki S.A. wybudowały nowoczesną oczyszczalnię ścieków, którą oddano do eksploatacji we wrześniu 1997 r. Dawniej oczyszczalnię zastępowały pola filtracyjne. Po wybudowaniu oczyszczalni, pola te zostały poddane rekultywacji. Teraz oczyszczalnia obsługuje zakład w Pudliszkach i prawie całą wieś. Oczyszczalnia należy do najnowocześniejszych w województwie wielkopolskim. Posiada część mechaniczną i biologiczną, i spełnia wszystkie wymogi ochrony środowiska. Koszt inwestycji wyniósł około 10mln zł.

W 1998 r. Zakład w Pudliszkach wybudował nową kotłownię gazowo - olejową i zlikwidował starą kotłownię węglową. Polskie Górnictwo Nafty i Gazu doprowadziło nowy gazociąg. W kotłowni zainstalowano nowoczesne urządzenia najwyższej klasy, takie jak: 2 kotły parowe firmy Viessmann, każdy o mocy 8.000 kW, niskoemisyjne palniki firmy Weshaupt, stację uzdatniania wody, komputerowy system wizualizacji i archiwizacji danych pracy kotłowni i system wykrywania gazu z automatycznym zaworem samozamykającym. Koszt budowy kotłowni wyniósł ponad 5mln zł.

Obie inwestycje uporządkowały zagadnienia ochrony środowiska w Pudliszkach na wiele lat. Pudliszki odpowiadają teraz ekologicznym wymogom XXI wieku.

Doceniając znaczenie świadomości ekologicznej społeczeństwa Zarząd Spółki postaniowił wspomóc finansowo Wielkopolski Ośrodek Edukacji Przyrodniczej tworzony przez Polskie Towarzystwo Ochrony Przyrody "Salamandra". Ośrodek ten będzie zlokalizowany w poznańskim Forcie, gdzie ulokowane jest unikalne zimowisko nietoperzy. Wielkopolski Ośrodek Edukacji Ekologicznej będzie prowadzić działalność edukacyjną poprzez prelekcje, zajęcia dydaktyczne dla młodzieży szkolnej i wystawy przyrodnicze. Jego celem jest uwrażliwienie społeczeństwa na zagadnienia ochrony przyrody.